Gotek'lerimden birini aynı şekilde Amiga 500'de harici kabloyla bağlanmış halde kullanıyorum. Başlarda aynı sorunu ben de yaşadım, Gotek'ten boot ettiğim zaman dahili floppy sürücüsünü kesinlikle görmüyordu.
Sanırım bunun sebebi harici Gotek'ten DF0 olarak boot ettiğimizde floppye motor sinyalinin gitmiyor olması. Zaten muhtemelen sürücünün o klasik tıkır tıkır motor sesi de gelmiyor olmalı.
Amiga 500'de işe yarayan çözüm 1200 için de geçerli midir emin değilim ama zamanında Metallic'ten öğrendiğim kadarıyla çözüm floppy data kablosuna minik bir modifikasyon yapmayı gerektiriyor. Buna göre ya mevcut kabloya, ya da farklı bir data kablosunun floppye giden ucuna ekstra bir konnektör takıyor ve arada kalan bu konnektördeki 10 ile 34'üncü delikleri 1N4148 diyot ile birleştiriyoruz. Sonra da bu konnektör ile floppye giren konnektör arasındaki 34 nolu damarı kesiyoruz. Yani şöyle bir kablo:

Böylece boot switch ilk konumdayken boot ettiğimizde dahili mekanik sürücü DF0, Gotek DF1; diğer konumda boot ettiğimizde Gotek DF0, dahili mekanik sürücü DF1 olarak çalışıyor.